Легкое запускание Gromacs с предустановленной Singularity
Использование возможностей Gromacs на сервере с предустановленной Singularity обеспечивает плавное удобство без необходимости прав root. Примечание: хотя использование Singularity довольно простое, процесс первоначальной установки требует административных привилегий - тема, которую мы не будем рассматривать в этом руководстве.
Важные команды под рукой: • Собрать контейнер: `singularity build [Имя] docker://[Изображение]` • Запустить интерактивную сессию: `singularity shell --nv [Путь]` • Найти GMXRC: `find / -name GMXRC` • Настроить путь к Gromacs: `export GROMACS=/usr/local/gromacs/bin.SSE2/gmx_mpi` • Проверить установку: `$GROMACS --version`
Полезные ресурсы для изучения: • Документация Singularity: docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/ • Официальные образы Gromacs Docker: hub.docker.com/r/gromacs/gromacs • Репозиторий минипротеинов: github.com/hunter-heidenreich/mini-proteins/
Nicole Hall 
Eli Cruz 
Audrey Ramos
Этот гайд очень пригодится для оптимизации симуляций на HPC. Особенно полезно, что Singularity позволяет не использовать root доступ, но всё равно достигается высокая производительность. Надеюсь, в будущем появятся материалы и про установку самого Singularity.