دليل خطوة بخطوة: كيفية تهيئة Gromacs-GPU على HPC باستخدام Singularity للحصول على محاكاة أسرع

تشغيل Gromacs بسهولة مع Singularity المثبتة مسبقًا

استغلال قوة Gromacs على خادم مزود بـ Singularity المثبتة مسبقًا يوفر راحة سلسة دون الحاجة إلى الوصول كمدير/root. لاحظ أن استخدام Singularity بسيط، ولكن عملية التثبيت الأولية تتطلب صلاحيات إدارية - وهو موضوع لن نتناوله في هذا الدليل.

التعليمات الأساسية في متناول اليد: • بناء الحاوية: `singularity build [اسم] docker://[صورة]` • بدء جلسة تفاعلية: `singularity shell --nv [المسار]` • تحديد موقع GMXRC: `find / -name GMXRC` • تهيئة مسار Gromacs: `export GROMACS=/usr/local/gromacs/bin.SSE2/gmx_mpi` • التحقق من التثبيت: `$GROMACS --version`

المصادر المفيدة للبحث: • وثائق Singularity: docs.sylabs.io/guides/3.5/user-guide/ • صور Gromacs الرسمية على Docker: hub.docker.com/r/gromacs/gromacs • مستودع البروتينات الصغيرة: github.com/hunter-heidenreich/mini-proteins/